SlipknotLive

A finales del 2003 la banda comenzó a escribir y grabar con su nuevo productor Rick Rubin,[46] quien antes había trabajado con Johnny Cash, System of a Down, Red Hot Chili Peppers, Valkiria,The Cult y Slayer.[2] [47] La banda lanzó el tercer álbum Vol 3: The Subliminal Verses el 24 de mayo de 2004. Alcanzó el número 2 en el Billboard 200[48] y Johnny Loftus de Allmusic, llamo al álbum como: "una satisfacción, el trabajo más cuidado (de la banda) hasta la fecha".[49] Robert Cherry de Rolling Stone dijo: "experimentaron incluso con más nuevos extremos, y en Slipknot, se incorporan como estructuras tradicionales".[4] En el 2004, la banda participa del Ozzfest por tercera vez,[50] el mismo año, hacen su primera presentación en el Download Festival.[51] Durante este, Jordison, reemplaza en la batería a Lars Ulrich de Metallica, que fue llevado de urgencia al hospital.[52] Durante el 2005, se presentaron sin Crahan, que estaba apoyando a su esposa durante una enfermedad.[53]
Ellos lanzaron su primer álbum en vivo, llamado 9.0 Live, que incluía grabaciones hechas en Phoenix, Las Vegas, Osaka, Singapur y Tokio. El álbum fue lanzado el 1 de noviembre de 2005 y alcanzó el número 17 en el Billboard 200.[54] En el 2006, la banda ganó su primer y único Grammy, para "Mejor presentación de Metal" con "Before I Forget".[55] Al final de ese año, Slipknot publicó su tercer DVD, titulado Voliminal: Inside the Nine.[56]
Varios miembros de la banda colaboraron en el CD "Roadrunner United: The All-Star Sessions" que se lanzó en octubre de 2005. Para este trabajo, Jordison fue puesto como "capitán de equipo".[57] Root, Taylor y Gray, también ayudaron en el álbum.[58] Durante el 2006, Corey Taylor y James Root, regresaron nuevamente a Stone Sour, para lanzar su disco Come What (ever) May.[59] Joey Jordison tocó en algunas como Ministry (2006) y Korn (2007).[60] [61] El también produjo el disco Fire Up the Blades para la banda 3 Inches of Blood, que fue lanzado a principios del 2007.[62] Durante el 2007, Shawn Crahan mostró su nuevo proyecto personal, llamado Dirty Little Rabbits.[63] Corey Taylor dijo en una entrevista para VH1 que la banda tendría un hiato hasta el 2008, para retomar sus proyectos personales.